נולד בשנת 1963 במלבורן, אוסטרליה, לעליגל ואורי קפלון. עלה לישראל ב-1970. למד בישיבות חב"ד באוסטרליה ובישראל, ובישיבת ירושלים לצעירים שליד "מרכז הרב". רבותיו הם הרבנים עדין שטיינזלץ ויצחק גינזבורג (שהוא גם קרוב משפחתו) המזוהים עם חסידות חב"ד.
קפלון החל לכתוב שירה מגיל צעיר, וכנער נתקל בשירתה של זלדה שהייתה בעיניו מופת ודוגמה אישית: שניהם חסידי חב"ד שלא נטשו את אמונתם וכותבים שירה. ביום הולדתו השש-עשרה טלפן קפלון לזלדה והזמין את עצמו אליה. השניים שמרו על קשר עמוק שהגיע לשיאו בבקשתה של זלדה לאחר נישואיו של קפלון לרעייתו יונה שישכור דירה מול ביתה, כדי שיוכל לערוך בעבורה קידוש בלילי שבתות.
את מחזור השירים הראשון שלו 'עיר ימים ספורים' פרסם קפלון בכתב העת חדרים (בעריכת הלית ישורון, אותה פגש אצל זלדה) והוא נכתב בעקבות שהותו בעיר ימית בשבועות שלפני פינויה. מאז הפך חדרים לביתו הספרותי המרכזי.
קפלון נחשב אחד ממובילי הפריחה התרבותית בציבור הדתי-לאומי, וכאחד ממבשרי הרנסנס הלירי-רליגיוזי. יצירתו המוכרת ביותר היא סדרת "ממך אליך" בהוצאת "ידיעות ספרים" (לראש השנה וליום הכיפורים, ספר השבת, וספר האהבה). שימש כמנחה סדנאות כתיבה במוסדות חינוכיים רבים ומגוונים, פעילות בה החל בישיבה התיכונית חיספין ברמת הגולן. כיום יוצר תרגילי כתיבה מגוונים בהשראת טקסטים יחודיים, ומנחה סדנאות יעודיות לצוותי הוראה, רבנים, רופאים, פסיכולוגים ולציבור הרחב.
יונדב קפלון, מגדולי המשוררים העבריים של הדורות האחרונים, לא רק מתאר ומביע, אלא מוליך ומלמד, יוצר תנועה שמוליכה מן הקריאה אל האוזן, אל העין ואל מכלול התפיסה. לא מוסר השכל רעיוני יש כאן, ולא פסק-דין על החברה, אלא כניסה אל הזרמים המגיעים מן העולם אל החושים ואל הרוח, ומהם בחזרה אל העולם [...]פרופ' אריאל הירשפלד, על גב הספר "רעד העיפרון"
פרופ' דן מירון, 2005יונדב קפלון הוא המשורר הישראלי הבולט ביותר שהגיע אל השירה מעולם האמונה והלמדנות היהודית. תחילה הכרתי את יונדב קפלון באמצעות שיריו, כפי שפורסמו בכתבי העת ובספריו הראשונים. הקובץ השלישי שפרסם קפלון, "בת שלמה", וביחוד הפואמה שעל שמה הוא קרוא, כבשו את לבי. הייתי ועודני בטוח שזהו אחד מקובצי השירה החשובים ביותר שפורסמו בעברית ברבע האחרון של המאה העשרים. יזמתי הכרות אישית עם המשורר שכה הערכתי וכך הזדמן לי להכיר את יונדב קפלון האדם, המחנך, הוגה הדעות והתלמיד-חכם היהודי המודרני.
לפנינו משורר בעל שיעור קומה בלתי-מצוי. שירתו מגישה לקורא המאמין את תהיותיה ומשבריה של השירה הישראלית ולקורא החילוני את חיפוש האמונה מצדו של אדם דתי מתוחכם, רגיש ולא חסר-ספקות. קפלון הוא תלמיד חכם יהודי מודרני, המתמחה בהגשת טקסטים מסורתיים לקורא שאינו בקי בהם וטקסטים עבריים בני זמננו לקורא הדתי שאינו בקי בהם. ה"מחזור" שלו הוא דוגמה למלאכת מחשבת בהגשה כפולה זו.
בנוסף, קפלון הוא מחנך כריזמטי הפותח את עולמם של תלמידיו, הן אל תוך המורשת הדתית שאותה הוא מאיר באור חדש, הן אל מה שמצוי מחוץ לה. ולבסוף, יונדב קפלון הוא אמן השפה העברית-הישראלית הממזגת לשון מקורות עם סלנג ישראלי-עכשוי בכשרון מוסיקלי ובאחריות סמנטית שאין דומה להם.